Juan Carlos Vargas Morales es profesional en Finanzas y Relaciones Internacionales; especialista en Gestión Pública e Instituciones Administrativas; experto en Paz, Desarrollo y Gobernabilidad y Magíster en Seguridad y Defensa Nacionales. 

Cuenta con más de 23 años de conocimiento y experiencia en el Estado colombiano, en su conjunto. Ha liderado la coordinación interinstitucional nacional, regional, local e internacional, para fortalecer el desarrollo integral y sostenible de territorios vulnerados y vulnerables; y generar mejores condiciones de vida para las comunidades.

Sus habilidades en negociación colectiva y resolución de conflictos sociales en todo el territorio nacional le han permitido participar como mediador en diversos procesos de negociación, especialmente en lo referente a los planes de gestión social.

Juan Carlos Vargas Morales además es experto en Defensa Nacional. Fue miembro de CIDENAL (Curso Integral de Defensa Nacional). Y ha realizado cursos de Estrategia y Política y de Coordinación Interinstitucional en el Centro Hemisférico de Estudios de Defensa de la Universidad Nacional en Washington D.C. 

En su larga trayectoria profesional, que suma más de 23 años, se ha desempeñado como director de la Agencia de Renovación del Territorio; director general de Asuntos Indígenas en el Ministerio del Interior; director encargado de Gestión Territorial en el Departamento para la Prosperidad Social; subdirector de Promoción de las Organizaciones Sociales del Ministerio de Trabajo; gerente en Agencia Presidencial para la Acción Social; asesor en la Presidencia de la República, en la Alta Consejería Presidencial para el Posconflicto, Derechos Humanos y Seguridad, en la Agencia Nacional de Tierras; en el Fondo Colombia en Paz; y de Consolidación Territorial, entre otros.

Hace 3 años se desempeña como director del Fondo de Programas Especiales para la Paz y por disposición del Presidente de la República asume el encargo de Consejero Presidencial para la Estabilización y la Consolidación.